Neste jogo você vai ser Billy, um dos poucos sobreviventes que sobraram após a cataclismica invasão na Terra das forças aliens Red Falcon. Cabe a você ingressar num contra ataque suicida de seis estágios lutando contra soldados e chefes alienigenas. Diferente de muitos jogos de ação atuais, o Contra Advance não te enche com várias armas complicadas ou esquemas de controle. Você pode correr, pular e atirar e em alguns momentos voce pode mergulhar. Você pode carregar apenas uma arma por vez, no entanto, pacotes passam voando em varios instantes dos estágios, estes posibilitam voce a trocar de arma. Algumas das armas disponíveis são o rifle, metralhadora, lança chamas, lança misseis sem direção, lança misseis direcional e arma laser e tambem posibilidade de ativar campos de forças.